圓柱亞克力魚缸里面的水因為大量喂食、排泄物和魚身上的分秘物的產生，會有越來越多的有機物質積累，這些有機質廢物會凝聚、附著在缸壁上，而大量的都懸浮在水中或沉于底砂上。由于水溫高，有機物會加快腐敗，導致混濁度增加，水質變壞，溶氧量明顯降低，氨及硝酸鹽大量增加，水會變得十分渾濁，魚在這樣的水中生活極易得病，甚到死亡。要使魚缸的水變得清澈，而不渾濁，很重要的是要有一套運行有效的生態過濾系統，其中包括機械過濾和生物過濾。通常的機械過濾只能去除固體污物，而溶于水中的還有大量的，如蛋白之類的有機物是無法濾清的，只有靠生物過濾系統才能完成。

魚缸里的水會因魚類的糞便、食物殘渣、水草腐葉而受到污染。在人們想象中將水中看得見的懸浮物過濾掉，使水保持清澈透明就已達到目的，其實這僅僅只是過濾的初級功能，我們通常稱之為機械過濾?，F代的觀賞魚缸過濾應是同時具有機械過濾和生物過濾，有時還需要物理過濾。其中尤為重要的是生物過濾。所謂生物過濾，就是通過附著在濾材上的細菌，將溶解在水中的有害物質分解或轉化為無害物質。物理過濾則是利用某些材料特有的吸附功能使水凈化。物理過濾只在特殊情況下短時間使用，如為了去除水中的剩余藥劑等。

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